ابان عهد السلطان محمد علي باشا في عام 1830، شهد مجتمع الأقباط ازدهارا في فلسطين، الأمر الذي دعا البطريرك القبطي في الإسكندرية إلى تعيين مطران مقيم في القدس لتمثيله بشكل رسمي. يقع دير الأقباط وكنيسة مريم العذراء في شارع مغارة الحليب في بيت لحم، على مقربة من كنيسة المهد. تأسس الدير القبطي في بيت لحم خلال الخمسينات من القرن الماضي على يد الأنبا ياكوبوس الذي كان مطران القدس في ذلك الحين، حيث قام بشراء 4 منازل متلاصقة وتحويل أحدها إلى كنيسة، سميت باسم كنيسة السيدة العذراء، وتخصيص المساحة المتبقية لبناء دير للراهبات الأقباط. يقوم على أدارة الدير حاليا راهبتين، وهما أيضا معروفتين بمواهبهما الفنية حيث يقمن برسم الأيقونات البيزنطية والقبطية الجميلة والحرف اليدوية الأخرى.
